Фамилия Колонифа — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В русской ономастике нет устоявшейся модели, по которой она была бы образована от какого-либо славянского корня. Первое, что бросается в глаза, — окончание на -а, что типично для фамилий греческого, итальянского или румынского происхождения, а также для некоторых украинских и белорусских форм. Скорее всего, перед нами не исконно русская, а заимствованная фамилия, которую носители адаптировали к местному произношению.

Наиболее правдоподобная версия связывает Колонифа с итальянской фамилией Colonifa или её вариантами. В Италии есть фамилия Colonnifero (от colonna — «колонна»), но более вероятна основа от личного имени или прозвища. В южноитальянских диалектах слово «colone» могло означать «крестьянин» или «арендатор» (от лат. colonus), а суффикс -ifa встречается как уменьшительно-ласкательный. Тогда Колонифа — это «маленький крестьянин» или «сын колона». В пользу этой версии говорит и то, что в XIX веке в южные губернии Российской империи (Новороссия, Крым, Бессарабия) переселялись итальянские колонисты, занимавшиеся сельским хозяйством и ремёслами.

Менее вероятна связь с греческим именем Колоний (от kolon — «член тела», «конечность») или с румынским словом «colon» (поселенец, колонист). В румынском языке фамилия могла бы звучать как Колонифэ, и её носители могли быть потомками переселенцев из Трансильвании или Валахии. В любом случае, фамилия указывает на занятие или социальный статус предка: он был либо арендатором земли, либо колонистом, который осваивал новые территории.

В русском языке фамилия не получила распространения и осталась единичной. Её носители, вероятно, жили на юге или юго-западе страны, где смешивались культуры и языки. Из-за редкости фамилии установить точную географию её бытования сложно, но суффикс и основа однозначно указывают на западное или южноевропейское происхождение, а не на славянскую основу.