Фамилия Колпина — женская форма мужской фамилии Колпин, и её происхождение связано с прозвищем или географическим названием. В основе лежит слово «колпа» или «колпина» — так в старых говорах называли птицу колпицу (вид цапли с хохолком на голове) или, реже, нечто белое, пушистое, похожее на хохолок. Прозвище Колпа могли дать человеку за светлые волосы, торчащий вихор или за манеру носить шапку набекрень.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Колпин — это «сын Колпы» или «человек из рода Колпы». Такая модель характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще возникали от имен или прозвищ с твердой основой, -ин типичен для основ на мягкий или шипящий звук, а также на гласный.

Есть и вторая версия, менее популярная, но правдоподобная для северных регионов: фамилия могла произойти от названия реки Колпина (приток Оки) или населенного пункта Колпино — например, известного села под Петербургом, а также деревень в Тверской и Новгородской областях. В таком случае Колпин — это «выходец из Колпина», и фамилия закрепилась за переселенцами, которые называли себя по месту прежнего жительства.

Сословно фамилия не элитарная: в документах XVIII–XIX веков Колпины встречаются среди крестьян, мещан и однодворцев, особенно в центральных и северо-западных губерниях. Встречается и редкий вариант ударения — на второй слог (Колпина́), но в литературной норме ударение падает на первый слог.