Фамилия Колупалин — один из тех случаев, когда за основу взято не имя, а прозвище, причём прозвище с отчётливой экспрессивной окраской. Образована она по стандартной модели: к основе «Колупал-» добавили типичный русский суффикс принадлежности «-ин», указывающий на родство: «чей?» — Колупалин, то есть сын или потомок Колупала.

Ключевой вопрос — значение прозвища Колупал. В русских говорах глагол «колупать» имел два основных смысла. Первый, самый прямой — ковырять, отдирать, сдирать кору или кожуру (сравните «лупить» и «колупать»). Второй, переносный — делать что-то медленно, кропотливо, с трудом, «ковыряться». Прозвище Колупал могли дать человеку неспешному, дотошному, а может быть, и просто неуклюжему, который «колупается» в работе. В некоторых диалектах слово «колупа» означало задиру или сварливого человека, что добавляет ещё один возможный оттенок.

Отдельного внимания заслуживает суффикс «-ал» в основе. Это не типичный славянский суффикс деятеля (как в словах «врун», «лгун»). «Колупал» — скорее всего, усечённая форма от глагольного прозвища, построенная по модели «делать — делал» (ср. «заика» от «заикаться»). Такие прозвища были особенно характерны для северных и центральных областей России, где подобные словообразовательные модели встречались чаще, чем в южнорусских землях.

Географически фамилия Колупалин — редкая. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий и не имеет ярко выраженного «гнезда» расселения. Единичные носители встречаются в разных регионах, что типично для прозвищной фамилии, возникшей локально, а не массово от крестильного имени. В сословном плане это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: прозвище от бытового глагола редко давали дворянам.

В итоге, для носителя фамилии Колупалин наиболее вероятная версия — предок получил прозвище за свой неторопливый характер или за привычку «ковыряться» в каком-либо деле. Другие фамилии с тем же корнем — Колупаев, Колупанов — образованы по той же схеме, но с другими суффиксами, что подтверждает: основа была живой и продуктивной в народной среде.