Фамилия Колупов — редкий случай, когда основа, скорее всего, связана не с профессией или именем, а с прозвищем, данным за характер или внешность. В её основе лежит древнерусское слово «колупать» — то есть ковырять, отдирать, медленно и въедливо что-то делать. Человек, получивший прозвище Колуп, мог быть медлительным, дотошным или просто иметь привычку ковырять что-то в руках.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность. Колупов буквально означает «сын Колупа» или «из семьи Колуповых». Суффикс -ов, а не -ин, говорит о том, что основа заканчивалась на твёрдый согласный (Колуп), что подтверждает прозвищное происхождение.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели разбираются в разделе прозвищ от глаголов. Интересно, что фамилия Колупов встречается в основном в центральных и северных регионах России, где сохранились архаичные диалектные слова. В некоторых говорах «колупа» могли называть скрягу или прижимистого человека — того, кто «колупает» каждую копейку.

Стоит отметить, что фамилия очень редкая. В отличие от массовых Ивановых или Кузнецовых, Колуповых мало, и это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что все носители в России — дальние родственники, происходящие из одного небольшого региона или даже одного села.