Фамилия Колыбаба — одна из тех, где сразу слышна украинская или южнорусская основа. В ней слышится что-то громоздкое, неуклюжее, и это ощущение не обманывает. Корень «колыбать» в южных и западных говорах означал «качать, шатать, колебать». Отсюда и «колыбель» — предмет, который качают. Но в фамилии работает другая модель: прозвище Колыбаба, скорее всего, дали человеку с тяжёлой, раскачивающейся походкой — «колыбающемуся», как увалень или медведь. Вторая часть, «-баба», может быть как усилительной частицей (вроде «большой, грузный»), так и прямым указанием на женщину — в украинских говорах «баба» нередко обозначала не только женщину, но и нечто большое, бесформенное, например, «баба-снежная» или глыба соли.

По модели образования фамилия относится к типу без суффикса: прозвище просто закрепилось как фамилия. Это характерно для украинских и белорусских фамилий, где не было обязательного добавления -ов или -ин. В русских документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются в Черниговской, Полтавской и Харьковской губерниях — там, где смешивались украинские и южнорусские диалекты. В переписях Войска Запорожского можно найти казаков с прозвищем Колыбаба — скорее всего, за походку или манеру двигаться в бою.

Есть и более редкая версия: от тюркского «колыбай» — «слуга, раб». Но она слабая: в украинской ономастике нет следов такого заимствования, а звучание «колыбаба» слишком органично вписывается в славянскую модель прозвищ с корнем «колыб-». Сравните с фамилиями Колыбалкин, Колыбелин — все они от того же глагола.

В современной России фамилия редкая, но не исчезнувшая. Встречается в Ростовской области, Краснодарском крае и, конечно, на Украине. Носители часто даже не догадываются, что их предка дразнили за тяжёлую походку — со временем прозвище потеряло обидный оттенок и стало просто фамильным знаком.