Фамилия Колыганов — один из тех случаев, когда написание запутывает след, а смысл приходится восстанавливать по говорам и старым прозвищам. В основе, скорее всего, лежит не «Колыган», а более древняя форма — Калган или Колган. Буква «ы» в корне появилась позже, под влиянием произношения или при записи фамилии в документах.

Первая версия ведёт к прозвищу Калган, которое в тверских, рязанских и тамбовских говорах означало простую деревянную чашку, грубо вытесанную топором: ковш, ведро или телячью кормушку. Человека с таким прозвищем могли назвать по занятию — он мастерил хозяйственную утварь из дерева. Вторая версия отталкивается от характера: «калганом» в тех же краях дразнили капризного, своенравного человека. Оба значения не противоречат друг другу: прозвище могло закрепиться и по ремеслу, и по поведению.

Есть и третья, менее очевидная нить — растение калган (лапчатка прямостоячая). Его пряные корни шли в пищу, на настойки и даже в пряники. В некоторых областях варили калганную водку и пекли калганные пряники. Если предок Колыгановых был травником, знахарем или просто любителем таких кушаний, прозвище могло возникнуть и по этому признаку.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Колыганов — сын Колыгана (Калгана). В писцовых книгах XVI–XVII веков эта фамилия встречается в северных и центральных уездах, особенно в Вятке и Перми, где плотницкое дело и сбор дикоросов были обычным промыслом. Именно там, в среде государственных крестьян и ремесленников, прозвище Калган могло легко перейти в фамилию и закрепиться в форме Колыганов.