Фамилия Колючкины образована по распространённой модели на -ин, что указывает на принадлежность к роду человека по прозвищу Колючка. Такая модель (Колючка + ин) буквально означала «сын Колючки» или «из семьи Колючки». В русской ономастике суффикс -ин традиционно присоединялся к основам, оканчивающимся на -а/-я, в отличие от -ов/-ев для основ на согласный.

Прозвище Колючка восходит к прямому значению слова — «шип, остриё, то, что колется». В переносном смысле так могли назвать человека с острым языком, язвительного остряка, который «колол» словом. Такие прозвища по характеру были широко распространены в славянской среде и часто закреплялись как фамильные прозвания.

Менее вероятна, но возможна связь с профессиональной деятельностью. В некоторых говорах «колючкой» называли репейник или чертополох, а также инструмент для пробивания отверстий. Если предок занимался кожевенным или сапожным делом, прозвище могло закрепиться за ним по орудию труда.

Фамилия Колючкин встречается в разных регионах, но заметный след оставила на Урале и в Зауралье. В документах XVIII–XIX веков Колючкины упоминаются среди крестьян и мещан Пермской и Вятской губерний. Это согласуется с общей картиной: фамилии на -ин с прозвищной основой часто фиксировались на северо-востоке европейской России.

В написании фамилии встречался вариант через «а» — Калючкин, что связано с аканьем в южнорусских говорах, но форма с «о» исторически основная. Встречаются и однокоренные фамилии: Колюков, Колюжнов, Колючкин — все они восходят к тому же корню «кол-» со значением «колоть, острый».