Фамилия Командаков — редкий случай, когда происхождение напрямую привязано к исчезнувшему топониму, а не к прозвищу или профессии. В основе лежит название деревни Камандак (именно с буквой «а» в первом слоге), которая существовала в Симбирском уезде Симбирской губернии, на территории современного Майнского района. Сегодня этого населённого пункта уже нет, но в документах XVIII века, а именно в 1739 году, упоминается «солдатская слобода Камандак». Вероятно, именно оттуда и вышел основатель рода Командаковых, получив фамилию по месту прежнего жительства.

Модель образования здесь стандартная для русских фамилий: суффикс -ов добавляется к основе, указывающей на место. Человек из Камандака становился Командаковым. Такой способ — по названию деревни или села — был особенно распространён среди крестьян и однодворцев, когда человек переселялся и терял прямую связь с общиной.

Важно не путать эту фамилию с той, что могла бы возникнуть от глагола «командовать». Версия о прозвище Командак для любителя всеми повелевать или для военачальника кажется правдоподобной на первый взгляд, но она менее убедительна. Во-первых, слово «командак» в значении «командир» или «начальник» не зафиксировано в русских говорах как устойчивое прозвище. Во-вторых, существование реального топонима Камандак, да ещё с документальным подтверждением в виде солдатской слободы, делает топонимическую версию основной. Скорее всего, именно деревня дала имя фамилии, а не наоборот.

Есть небольшая особенность в написании: современная фамилия пишется через «о» — Командаков, хотя исходное название деревни было Камандак. Это обычное явление для русской ономастики, когда корневая гласная со временем меняется под влиянием акающего произношения или унификации написания. В старых метрических книгах, возможно, встречаются оба варианта.

Таким образом, фамилия Командаков — не про командование, а про малую родину, которой больше нет на карте.