Фамилия Командаковы — один из тех редких случаев, когда фамилия почти наверняка происходит не от прозвища или профессии, а от названия исчезнувшей деревни. Её основа — топоним Камандак, деревня бывшего Симбирского уезда Симбирской губернии (позже территория Майнского района). Сегодня этого населённого пункта уже нет, но в документах XVIII века он упоминается: в 1739 году существовала «солдатская слобода Камандак». Вероятно, именно оттуда и вышел основатель рода Командаковых.

Словообразовательная модель здесь простая: к названию местности на -ак (Камандак) добавили типичный русский суффикс -ов, получив фамилию в значении «сын человека из Камандака». То есть Командаков — это буквально «тот, кто родом из Камандака». Такая модель образования фамилий от названий деревень и сёл была особенно распространена в XVI–XVIII веках, когда крестьяне, переселяясь, получали прозвища по прежнему месту жительства.

Гораздо менее вероятно, что фамилия восходит к глаголу «командовать». Если бы это было так, то Командаком могли прозвать либо военачальника, либо человека с властным характером, любившего всеми повелевать. Однако против этой версии говорит и географическая привязка к реально существовавшей деревне Камандак, и сама форма фамилии: прозвища от глаголов в русской традиции чаще давали в форме Командир или Командиров, а не Командаков.

О точном времени возникновения самой фамилии Командаков говорить сложно — процесс закрепления фамилий у крестьянства шёл постепенно и растянулся на несколько столетий. Но ясно одно: корни этого рода уходят в конкретную местность на территории современной Ульяновской области, а сама фамилия сохранила память о деревне, которой уже нет на карте.