Фамилия Команчуков — один из тех случаев, когда внешне тюркская основа оказывается тесно связана с русской военной историей. Её ядро — слово «команч» или «команча». В русском языке XVIII–XIX веков «команчами» называли казаков, нёсших службу в «командах» — небольших отрядах, разъездах или караулах. Это прозвище закреплялось за человеком, который ходил в наряды, командовал малым подразделением или просто был расторопным служивым. В отличие от более позднего «командир», слово «команча» имело оттенок бытовой, неофициальный, и могло относиться даже к рядовому, но опытному казаку.

Суффикс -ук- в основе «Команчук» — типичный для западнорусских, украинских и белорусских земель уменьшительно-ласкательный или патронимический формант. Он указывает на «сына команчи» или «младшего команчу». То есть исходная форма — Команчук — бытовала в малороссийских или донских говорах. А вот окончание -ов превращает её в «великорусскую» фамилию: Команчуков значит «из рода Команчуков». Такая модель характерна для фамилий, которые фиксировались в документах уже после переселения носителей на север или при записи в ревизские сказки центральной России.

Встречается и более редкая версия: от тюркского имени или прозвища «Коман» (у некоторых народов — «богатырь» или «вождь») с тем же суффиксом -чук и русским окончанием. Но для фамилии Команчуков эта этимология менее вероятна: в тюркских языках форма «Команчук» означала бы «маленький Коман», что нехарактерно для русских документов. Куда правдоподобнее, что предок носителя фамилии был казаком или солдатом, которого в быту звали Команча, а его сына — Команчуком.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине. Наибольшая плотность — в бывших областях Войска Донского, а также в Курской и Воронежской губерниях, откуда казачьи и однодворческие фамилии расходились по всей империи. Встречается она нечасто, что подтверждает её узкопрофессиональное происхождение: Команчуковы — потомки тех, кто когда-то ходил «в команду» и получил прозвище по службе, а не по имени или ремеслу.