Фамилия Кончанин образована от прозвища Кончаня. В его основе лежит нарицательное «конец», поэтому такое прозвище мог получить человек, живший на окраине — в конце села или города. Однако это лишь одно из возможных объяснений.

Слово «конец» в древнерусском языке имело не только пространственное значение. Им обозначали ремесленные слободы и профессиональные объединения, которые селились обособленно — каждый в своём «конце». Так, прозвище Кончаня могло закрепиться за швецом, рыбаком или представителем другого ремесла, чья слобода стояла особняком. Таким образом, фамилия указывала не столько на место жительства, сколько на принадлежность к определённой профессиональной общине.

Существуют и альтернативные версии, уводящие в тюркские языки. Сравнивают прозвище с турецким konç — «голенище». В таком случае Кончаней могли называть сапожника. Другой вариант — происхождение из казанско-татарской среды, от слова «кюнче» — «кожевник». Обе гипотезы возможны, но менее убедительны: фамилия не содержит типичных тюркских суффиксов, а сама модель «Кончанин» характерна для русского именования по прозвищу с суффиксом -анин, указывающим на принадлежность к месту или группе.

Сам суффикс -анин в фамилиях встречается редко. Чаще он образовывал названия жителей по местности (горожанин, селянин), а в фамилиях закрепился как указание на выходца из определённой среды. Кончанин — буквально «тот, кто из конца», то есть из окраинной части поселения или из ремесленной слободы.

Фамилия эта редкая, географически привязана в основном к северным и центральным областям России, где слово «конец» в значении «часть села» сохранялось дольше всего. Встречается она и в украинских говорах, но уже как Кончаненко — с другим патронимическим суффиксом.