Фамилия Кондахчян — яркий пример армянской модели фамилий, образованных от названия профессии или ремесла. Её основа — «кондах» (арм. «кондах» — строитель, каменщик, мастер по кладке). Суффикс «-чян» (в русской записи часто «-ян») — патронимический, то есть указывает на принадлежность: «сын Кондаха» или «из рода Кондаха». Буквально Кондахчян — «сын строителя» или «потомок каменщика».

В армянской ономастике суффикс «-ян» — самый распространённый, он вытеснил более древние формы вроде «-унц» или «-енц» к XIX веку. Фамилия Кондахчян фиксируется в основном среди армян, переселившихся в XIX–XX веках из Западной Армении (территория современной Турции) в Российскую империю, а позже — в Армению и диаспору. Встречается также вариант Кондакчян, где корень «кондак» мог означать то же ремесло, но с диалектным произношением.

Слово «кондах» восходит к тюркскому «konduk» — «строитель», что отражает многовековые контакты армян с тюркоязычными народами на территории исторической Армении. Однако в самой армянской среде профессия каменщика была одной из ключевых: армянские мастера славились строительством церквей, мостов и жилых домов. Поэтому Кондахчян — фамилия, прямо указывающая на занятие предка, без дополнительных прозвищ или географических привязок.

Встречаются также однокоренные фамилии Кондахсазян (от «кондах» + «саз» — инструмент, то есть «мастер по строительным инструментам») и Кондахчянц (с архаичным суффиксом «-ц», указывающим на род). Но форма на «-ян» — самая массовая и стандартная для армянских фамилий конца XIX — начала XX века.