Фамилия Кондора — редкий случай, когда за основу взято не имя, не ремесло и не внешность, а, скорее всего, географический объект или прозвище, связанное с птицей. В русских фамилиях на -а, как правило, застывает форма родительного или именительного падежа, что сразу указывает на её нерусское происхождение или на искусственное книжное образование.

Самая очевидная версия — от испанского или португальского слова cóndor (кондор). Так могли прозвать человека за размах, силу, одинокий нрав или даже за крупный нос. Но вряд ли это прозвище возникло в русской деревне — кондор не водится в Евразии, и крестьяне XVI–XVII века вряд ли знали эту птицу. Скорее всего, фамилия пришла из Южной Америки или Испании вместе с носителями, либо её дали в семинарской среде: выпускникам духовных училищ нередко присваивали «экзотические» фамилии по названиям животных, птиц и растений.

Вторая версия — топонимическая. Кондора — это река в Перу, а также несколько небольших населённых пунктов в Латинской Америке и в Италии (например, Кондора в регионе Калабрия). Выходец из такого места мог получить фамилию по названию родного города или поместья. Для итальянского варианта характерно ударение на первом слоге (Кóндора), для испанского — на последнем (Кондóра).

Словообразовательная модель проста: фамилия не имеет русского суффикса (-ов, -ин, -ский), она стоит в чистой форме, что типично для поздних заимствований или для фамилий иностранцев, обрусевших без адаптации окончания. По сословной принадлежности ничего определённого сказать нельзя: Кондора мог быть и потомком итальянского переселенца, и обрусевшим испанцем, и русским священником, получившим «птичью» фамилию при выпуске из семинарии.

Встречаемость фамилии в России крайне низкая — по открытым данным, её носят не более нескольких десятков человек, в основном в крупных городах. Это не массовая фамилия, а скорее единичный антропоним, который почти наверняка имеет одну конкретную точку происхождения — либо конкретная семья эмигрантов, либо один род, получивший её по месту жительства или по учёбе.