Фамилия Кондоратьев — редкий случай, когда очевидная на первый взгляд основа оказывается ловушкой. Большинство сразу подумает о птице кондор, но для русской фамильной модели XVIII–XIX веков это маловероятно: экзотические южноамериканские пернатые не были частью быта крестьян и мещан центральной России. Настоящий корень лежит в каноническом имени Кондратий (от латинского «quadrans» — «четверть», «монета в четверть асса»). Фамилия Кондоратьев — это диалектный или фонетический вариант отчества от формы Кондорат, которая в некоторых говорах заменила литературное Кондрат.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Кондоратьев, то есть сын Кондората. Такая замена «а» на «о» (Кондрат → Кондорат) встречается в южнорусских и украинских говорах, где аканье и оканье смешивались под влиянием местных диалектов. Таким образом, предок носителя фамилии звался Кондратом (или Кондоратом) — сокращённой формой от полного церковного имени Кондратий.

С точки зрения социальной истории, Кондоратьевы — почти наверняка потомки крестьян или мещан. Дворянские фамилии редко образовывались от просторечных форм имени без книжного суффикса -ский. В переписных книгах XVII–XVIII веков фамилия встречается в центральных и южных губерниях — в Тамбовской, Рязанской, Воронежской областях, где окающие говоры были сильны. Интересно, что вариант с «о» в первом слоге закрепился как самостоятельная фамилия, а не как описка писаря: в некоторых сёлах Кондоратьевы жили отдельно от Кондратьевых, и это разные роды.

В ономастическом словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта модель не выделяется отдельно, но подпадает под правило переоформления народных форм крестильных имён. Если сравнивать с однокоренными — Кондратьев, Кондратов, Кондратюк — то Кондоратьев стоит особняком: он сохранил редкий вокализм, который сегодня может служить маркером конкретной местности, откуда пошёл род.