Фамилия Кондоатьева — редкая и нестандартная по своей словообразовательной модели. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ев при окончании -а, что для женской формы фамилии нормально, но сама основа вызывает вопросы. В русской ономастике фамилии на -атьев обычно восходят к крестильным именам (например, Афанасий — Афанатьев, Матвей — Матвеев), но здесь первая часть «Конд-» явно не от канонического имени.

Наиболее вероятное объяснение — фамилия образована от прозвища или имени Кондоат. В русских говорах и украинском языке слово «кондо» могло означать «упрямый», «крепкий» или относиться к диалектному «кондовый» — прочный, добротный, основательный. Суффикс -ат в прозвищах часто указывал на обладателя качества (ср. «бородат» — бородатый, «горбат» — горбатый). Таким образом, Кондоат — человек крепкого, «кондового» склада, возможно, коренастый или упрямый. Фамилия Кондоатьев (а женская Кондоатьева) закрепилась за потомками этого человека.

Есть и другая, менее надёжная версия: основа могла возникнуть из искажённого тюркского имени, например, Кондыбай или Кондуат, где «конды» — «бобр» (в некоторых тюркских языках), а «ат» — «лошадь». Однако в таком случае фамилия скорее имела бы вид Кондыбаев или Кондуатов. Фонетически «Кондоатьев» ближе к славянской модели с прозвищем, чем к тюркской.

Географически фамилия встречается единично, в основном в центральной России и Поволжье. Она не была распространена среди дворянства или духовенства — скорее, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности или характеру. Написание с двумя «а» (Кондоатьева, а не Кондоватьева) указывает на то, что в основе лежало именно слово с окончанием на -ат, а не глагольная форма.