Фамилия Кондраханова — редкий случай, когда женская форма закрепилась в словарях и базах данных, а мужская (Кондраханов) встречается реже. Это не типичная «женская» фамилия на -ина, а полноправная форма на -ова, образованная от мужской. Её основа — прозвище или неканоническое имя Кондраха.

Корень здесь тот же, что у известного имени Кондрат (каноническая форма Кодрат, от латинского «четвёртый»). Но суффикс -ах- указывает на иную модель: в русской народной традиции так образовывали уменьшительно-ласкательные или пренебрежительные формы имён — Кондраха, Федяха, Степаха. То есть Кондраха — это «маленький Кондрат» или «Кондрат» в обиходном, домашнем звучании. Фамилия, стало быть, означает «потомок Кондрахи».

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям: Ростовская область, Краснодарский край, восток Украины. Там суффикс -ах- в прозвищах был особенно живуч. Встречается она и в Поволжье, но реже.

Есть и другая, менее вероятная версия: от тюркского корня «кондра» — «бобр» (в казахском и татарском). Тогда Кондраха — прозвище человека, напоминавшего бобра повадками или внешностью. Но эта гипотеза слабая: во-первых, суффикс -ах- нехарактерен для тюркских заимствований, во-вторых, фамилия почти не встречается в регионах с сильным татарским влиянием.

По сословной принадлежности — скорее всего, крестьянская или казачья. В списках донских и кубанских казаков XIX века попадаются Кондрахановы, но массовых данных нет. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Ценность фамилии — в сохранении редкой словообразовательной модели. Кондрахановых — единицы, и каждый носитель может считать себя хранителем архаичного суффикса, который в современном русском языке почти исчез из фамильного фонда.