Фамилия Кондрахин — типичный пример «патронимической» модели, самой распространённой в русском языке. Её основа — имя Кондраха, которое в народе было одной из обиходных, сокращённых форм церковного имени Кондратий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Кондрахи. Так фамилия закрепилась за потомками человека, которого в быту звали именно Кондрахой, а не полным Кондратием.

Имя Кондратий пришло на Русь из греческого и означало «копьеносец», но в повседневной речи оно быстро обросло уменьшительными и просторечными вариантами — помимо Кондрахи, известны Кондраша, Кондратка, Кондрюшка. Фамилия Кондрахин образована именно от формы с суффиксом -ах(а), что характерно для северных и центральных говоров: в новгородских и псковских землях имена часто усекали с этим суффиксом (ср. Иваха — от Иван, Степаха — от Степан). Поэтому есть основания предполагать, что географический центр фамилии — северо-запад России, хотя со временем она распространилась шире.

Поскольку фамилия произошла от крестильного имени, она не несёт указания на ремесло или прозвище предка. Носители фамилии Кондрахин могли быть выходцами из любого сословия — от крестьян до купцов. В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, но массовой статистики по сословной принадлежности нет. Однокоренные фамилии — Кондратов, Кондратьев, Кондрашов — разошлись по разным ветвям от того же имени, но через другие производные формы. Кондрахин стоит особняком: он указывает на конкретный, менее распространённый вариант имени, что делает фамилию менее частой, чем, например, Кондратьев, но зато более характерной для определённого диалектного ареала.