Фамилия Кондрахины — одна из тех, что образовались от разговорной, «домашней» формы церковного имени. В её основе лежит имя Кондраха, которое в народе давали мальчикам при крещении полным именем Кондратий. Имя Кондратий пришло на Русь из греческого языка, где означало «несущий копьё» или «воин», но в быту оно сократилось до простого и привычного Кондраха. Такой способ словообразования — от усечённого имени с помощью суффикса -ин — типичен для фамилий, указывающих на прямого потомка: «чей сын?» — Кондрахин, то есть сын Кондрахи.

Сам суффикс -ин в русских фамилиях обычно закреплялся за основами, оканчивающимися на -а или -я. Фамилия Кондрахин, таким образом, стоит в одном ряду с такими же «патронимическими» фамилиями, как Фомин, Ильин или Кузьмин. Отличие лишь в том, что имя Кондраха — не каноническое, а просторечное, что говорит о бытовой, неофициальной среде, где фамилия зародилась.

Интересно, что у этой фамилии есть и другие варианты написания и произношения: Кондратьев, Кондрашин, Кондрашов. Все они восходят к одному корню — имени Кондратий, но через разные его формы: Кондрат, Кондраша, Кондраха. Фамилия Кондрахины встречается в нескольких регионах России, но чаще всего её корни ведут в центральные и южные губернии, где имя Кондратий было особенно популярно среди крестьян и мещан.

Точное время появления фамилии установить трудно: массовое закрепление фамилий в крестьянской среде шло в XIX веке, но отдельные случаи могли быть и раньше. Тем не менее, Кондрахины — это не просто фамилия, а живое свидетельство того, как церковное имя обрастало народными формами и становилось родовым знаком.