Фамилия Кондрахина образована от имени Кондраха — народной формы крестильного имени Кондратий. Само имя Кондратий восходит к латинскому прилагательному «quadratus», что означает «четырёхугольный», «квадратный». В античной и раннехристианской традиции это могло пониматься как «крепкий», «устойчивый», «основательный». Имя было распространено среди всех сословий, а его уменьшительные формы — Кондраша, Кондраха — в быту встречались повсеместно.

Фамилия построена по типичной русской модели: к основе Кондрах- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Буквально: «сын Кондрахи» или «жена Кондрахи». Такие фамилии чаще всего возникали в среде крестьян и посадских людей Северной и Центральной России, где притяжательные формы на -ин были особенно распространены.

В ономастических справочниках фамилия Кондрахина нередко соседствует с однокоренными: Кондратьев, Кондрашин, Кондрашев. Разница только в суффиксе, который указывает на разную степень патронимической обработки: Кондраха — более короткая, разговорная форма, чем Кондратий или Кондрат. Поэтому фамилия Кондрахина — не вариант «испорченного» Кондратьева, а самостоятельная ветвь, возникшая из того же корня, но по другой словообразовательной линии.

Встречается фамилия в основном в русских регионах — в Поволжье, на Урале, в Сибири. В дореволюционных переписях носители фамилии записаны преимущественно как государственные крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном происхождении.

Таким образом, фамилия Кондрахина — это не загадка, а прозрачный патроним: человек, носивший имя Кондраха, дал фамилию своим детям. В основе лежит латинское слово, но по-русски оно звучало тепло и по-домашнему.