Фамилия Кондратцев образована от имени Кондратец — народной, уменьшительной формы канонического имени Кондратий. В основе лежит суффикс -ец, который в русской антропонимии часто давал прозвища или семейные имена, а затем и фамилии. Притяжательный суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Кондратцев, то есть сын или потомок Кондратца. Это типичная модель для русских фамилий, закрепившаяся в XVI–XVII веках, когда крестьян и посадских людей всё чаще записывали не по отцу, а по деду или прозвищу.

Имя Кондратий пришло на Русь из греческого через церковнославянский язык. В греческом Κοδράτος означало «четвероугольный» или «квадратный», но в народной среде это значение быстро стёрлось, уступив место бытовому употреблению. Уменьшительная форма Кондратец — не единственная: известны также Кондрашка, Кондратюк, Кондратеня. Однако именно вариант с суффиксом -ец встречается реже, что делает фамилию Кондратцев относительно редкой по сравнению с массовыми Кондратьевыми или Кондратовыми.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Костромской, Нижегородской. В этих краях имя Кондратий было особенно популярно в XVII–XVIII веках, а местные говоры охотно укорачивали полные формы. Встречаются также варианты написания: Кондрацов, Кондратцев с одной «т» — это результат упрощения в устной речи или ошибок писцов, которые не всегда строго следовали единой орфографии.

Социальный контекст: носители фамилии Кондратцев в основном происходили из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение. Предки современного Кондратцева, скорее всего, были пашенными крестьянами или ремесленниками, которых в документах записывали по имени главы семьи — деда Кондратца. Фамилия не перешла в разряд «говорящих», но сохранила прямую связь с личным именем, без дополнительных прозвищных смыслов.

Если копать глубже, можно заметить, что суффикс -цев в фамилиях иногда указывает на принадлежность к определённой местности или роду занятий, но в случае с Кондратцевым этого нет — здесь чистая патронимия. В ономастических работах, например у Б. Унбегауна, такие фамилии описываются как «полуотчества» от уменьшительных форм, которые в быту вытесняли полное имя. Это объясняет, почему Кондратцев не стал Кондратьевым: в конкретной семье закрепился именно уменьшительный вариант, и потомки уже не меняли его.