Фамилия Кондратцов образована от крестильного имени Кондрат, народной формы канонического имени Кодрат. Это имя носил один из апостолов от семидесяти, святой Кодрат Афинский. Согласно преданию, он обратил в христианство множество язычников, претерпел мученическую смерть, но душа его, как пишут в житиях, вечно пребывает в Царствии Небесном — велик был его духовный подвиг.

В русской ономастике имя Кондрат дало начало целому ряду фамилий. Кондратцов стоит в одном ряду с Кондратовым, Кондратьевым, Кондратенко, Кондратюком. Особенность именно этой фамилии — суффикс -цов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кондратцов, то есть сын или потомок Кондрата. Такая модель типична для северных и центральных областей России, где отчества на -ов/-ев часто заменялись на -цов.

Встречается фамилия преимущественно в Ростовской, Волгоградской областях и в Ставропольском крае — регионах позднего заселения, куда крестьяне переселялись в XIX веке. Сословно предки Кондратцовых, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами: имя Кондрат было распространено именно в крестьянской среде, а не в дворянской.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от прозвища Кондрат, которое мог получить человек с неспокойным, «кондратийным» характером — на это намекает фразеологизм «кондратий хватил». Но в основе фамилии всё же лежит церковное имя, а не бытовое прозвище.