Фамилия Кондратцовы — одна из тех, что прямо указывает на имя предка. В её основе лежит каноническое имя Кондратий (латинское quattuor — «четвёртый»). В русском быту оно часто сокращалось до просторечной формы Кондрат — отсюда и пошла фамилия. Святой покровитель имени — апостол Кодрат (Кондрат), который, по преданию, принял мученическую смерть за веру, но после смерти, как считается, обрёл вечное пребывание в Царствии Небесном.

Модель образования проста: к основе Кондрат- добавили суффикс -цов. В русской антропонимии суффикс -ц- в таких фамилиях встречается реже, чем привычные -ов/-ев или -ин. Он указывает на конкретное лицо — сына Кондрата, то есть Кондратцова. Со временем форма закрепилась и перестала меняться по падежам: «Кондратцов» стало родовым прозванием, а не указанием на родство.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям — там краткая форма Кондрат была особенно распространена. Встречается и в центральных областях России, но реже. О точном времени возникновения говорить сложно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий, но можно предположить, что Кондратцовы появились не позднее XVII века, когда массово оформлялись отчества в наследственные фамилии.

Родственные фамилии — Кондратов, Кондратьев, Кондратенко, Кондратюк. Отличие Кондратцовых в том, что их фамилия образована не от полной церковной формы (Кондратий), а от её усечённого народного варианта, что часто встречалось в среде крестьян и посадских людей.