Фамилия Кондрулин — довольно редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если отбросить самые поверхностные догадки, сразу видно, что её основа не лежит на поверхности, а суффикс -ин указывает на принадлежность к «материнской» или прозвищной модели: такие фамилии чаще всего образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Корень «Кондрул-» скорее всего восходит к прозвищу Кондруля. В русских говорах слово «кондруль» или «кандруль» могло означать нечто кривое, изогнутое, сучковатое. Например, в некоторых диалектах так называли корягу, сук или даже изогнутый нож для резки капусты. Человек с таким прозвищем мог получить его за характерную осанку, хромоту или за то, что он занимался плетением, резьбой по дереву. В этом случае фамилия Кондрулин — «сын Кондрули», то есть потомок человека, которого прозвали за какую-то особенность.

Вторая, более прозаичная версия, связывает фамилию с крестильным именем Кондратий (Кондрат). В народной речи имя Кондрат через уменьшительные формы (Кондра, Кондруша) могло дать и форму Кондруля. Тогда Кондрулин — это «внук Кондрата», что типично для русских фамилий, где суффикс -ин прикрепился к просторечной форме имени. Эта версия правдоподобнее, потому что фамилии от имени Кондрат встречаются часто (Кондратов, Кондратьев), а Кондрулин — более редкий, локальный вариант.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, а также к Поволжью. Встречается она преимущественно в единичных записях, что говорит о её поздней фиксации и, возможно, о происхождении из среды однодворцев или государственных крестьян, где прозвища дольше сохранялись в быту. Интересно, что написание через «о» (Кондрулин) — основное, но в архивных документах XIX века можно найти вариант «Кандрулин», что подтверждает связь с диалектным произношением имени Кондрат.