Фамилия Кондрычин — редкий случай, когда основа почти наверняка не связана с географическим названием или профессией, а происходит от личного имени или прозвища. В её основе лежит имя Кондрат (каноническая форма — Кондратий), которое восходит к латинскому имени Кондрат (Quadratius), означающему «четвертый» или «квадратный». Суффикс -ын (в современном написании -ин под ударением) указывает на принадлежность: Кондрычин — буквально «сын Кондрычи». Но здесь есть тонкость: обычно фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я (Илья — Ильин, Фома — Фомин), а Кондрат даёт Кондратов. Форма Кондрычин говорит о том, что в основе лежало не полное имя, а его просторечный или уменьшительный вариант — Кондрыч.

Кондрыч — это типичное для русских говоров стяжение: от Кондратий через Кондрат к Кондрыч (ср. Дмитрий — Митя — Митрыч, или Пётр — Петрыч). Такая модель встречалась в северных и центральных губерниях, где имена часто усекали, а затем добавляли суффикс -ыч, создавая «полуотчество» или прозвище. Фамилия Кондрычин, таким образом, могла закрепиться за человеком, чьего отца звали Кондрыч (то есть неформально Кондратий), или за самим обладателем прозвища Кондрыч. Она относится к «патронимическим» фамилиям второго порядка — когда в основу легло не имя отца, а его уменьшительная форма.

Встречается фамилия преимущественно на юге России и в украинских областях, где фамилии на -ин нередки, но форма с -ыч- подсказывает, что её носители могли быть выходцами из среды, где бытовые имена ценились выше официальных. В отличие от более частых Кондратовых или Кондратьевых, Кондрычин — фамилия локальная, почти не вышедшая за пределы нескольких сёл. Её носители в XIX веке, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение от прозвища, а не от святцев.