Фамилия Конопатина — женская форма от Конопатин. В её основе лежит прозвище или мирское имя Конопатый. Значение прозрачно: так называли человека со следами оспы на лице, рябого, с заметными веснушками. В русских говорах «конопатый» — прямое обозначение веснушчатого человека. Прозвище было распространённым и не несло отрицательного смысла: в деревне конопатость считали просто приметой внешности.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Конопатин — буквально «сын Конопатого» или «из семьи Конопатых». Ударение в фамилии чаще падает на третий слог: Конопа́тина, хотя в некоторых регионах можно услышать Коно́патина. Разница в ударении не меняет происхождения.

Интересна возможная связь с другим корнем. В некоторых говорах «конопа́тить» означало «затыкать щели паклей» — это плотницкое ремесло. Однако для фамилии эта версия менее вероятна: отглагольные фамилии на -ин обычно образуются от существительных (конопатчик), а не от глагольной основы напрямую. Прямых свидетельств, что предки Конопатиных были конопатчиками, нет.

Фамилия фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в северных и центральных губерниях: Вологодской, Архангельской, Костромской. География подсказывает, что носители фамилии — потомки свободных крестьян или ремесленников, а не дворян: фамилия не попала в родословные книги высшего сословия.

Однокоренные фамилии — Конопатов, Конопацкий, Коноплёв — имеют разные суффиксы и модели, но восходят к тому же корню «коноп-». Конопатин стоит особняком: суффикс -ин делает её самой прямой по смыслу — «чей?» — «конопатого». В современной России фамилия встречается редко, чаще в старых сёлах, где сохранилась преемственность прозвищ.