Фамилия Конопатников происходит от прозвища Конопатник. В русских говорах так называли мастера, который конопатил — затыкал паклей или мхом щели в срубах, лодках и других деревянных конструкциях. Это было необходимое ремесло в деревянном строительстве: плохо проконопаченный дом промерзал зимой, а лодка давала течь. Предок-Конопатник был, скорее всего, плотником или судостроителем, который специализировался именно на этой финишной, но ответственной операции.

Суффикс -ов- в фамилии указывает на типичную модель русской патронимии: «чей сын?» — Конопатников, то есть сын Конопатника. Форма на -ов, а не на -ин, говорит о том, что основа прозвища оканчивалась на твёрдый согласный. Это одна из самых распространённых моделей в русских фамилиях, но сама основа здесь нестандартная: она не от имени и не от внешности, а от узкопрофессионального термина.

Встречаются и однокоренные фамилии без суффикса: Конопатин, Конопатов, Конопаткин. Но Конопатников — самая прямая и прозрачная по смыслу: она буквально называет человека по занятию. Если бы прозвище звучало как Конопатый (рябой), фамилия была бы Конопатов. Здесь же корень не «конопатый», а «конопатить», что подтверждается суффиксом -ник-, обозначающим деятеля.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России, где было развито деревянное зодчество и судостроение — Архангельская, Вологодская, Вятская губернии. Встречается она нечасто, что объясняется узостью ремесла: конопатчиков было меньше, чем, скажем, кузнецов или плотников. Среди дворянства фамилия не зафиксирована — это типично крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища по профессии.