Фамилия Конопья не связана с растением коноплёй, несмотря на очевидное звуковое сходство. Перед нами фонетический вариант фамилии Канапья, а та, в свою очередь, восходит к имени Канапий — диалектной форме арабского имени Канафи.

Имя Канафи означает «ханафит». Ханафиты — последователи одной из четырёх религиозно-правовых школ суннитского ислама (мазхабов), основанной Абу Ханифой (около 699–767 годов). Имя было широко распространено в среде народов, исповедовавших ислам, особенно у татар и башкир. При переходе в русскую среду арабское «Канафи» через тюркское посредничество обросло дополнительным суффиксом -ий, дав форму Канапий, а затем и уменьшительно-бытовое Канапья.

Фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе имени Канапья добавили нулевой суффикс, то есть оформили её как фамилию без дополнительных окончаний (-ов, -ин). Такие «чистые» фамилии характерны для украинской, белорусской и южнорусской традиции, где имя отца могли записать в неизменной форме. Поэтому носитель фамилии Конопья — это потомок человека, которого в быту звали Канапья.

Со временем безударное «а» в первом слоге перешло в «о» — типичный для русских говоров процесс аканья на письме, который закрепился в документах. Так Канапья превратилась в Конопья, и связь с исходным арабским именем стала неочевидной. Встречается и написание через «а» — Канапья, но вариант с «о» закрепился как основной.

Фамилия редкая и локальная. Её стоит искать в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением — в Поволжье, Приуралье, на юге Урала. В отличие от фамилий, образованных от названий растений (Коноплёв, Коноплин), Конопья имеет не славянское, а арабо-тюркское происхождение и несёт в себе память о религиозной принадлежности предка.