Фамилия Конойко — это один из тех случаев, когда фамилия прозрачно указывает на имя предка. В её основе лежит мужское имя Конон, которое пришло на Русь из греческого языка и означает «трудящийся» или «трудолюбивый». Имя это в старину было весьма распространённым, но в фамилию легло не напрямую, а через уменьшительную форму — Конойка. Так на Руси часто называли Кононов, и именно эта ласковая форма и закрепилась в фамилии.

Обратите внимание на суффикс -ко. В украинской и белорусской ономастике он играет роль уменьшительно-ласкательного или указывает на принадлежность к роду (буквально «маленький Коной» или «сын Конойки»). Именно этот суффикс — маркер того, что фамилия сформировалась на территории современной Украины или Беларуси, а затем вместе с носителями могла мигрировать на восток. Фамилия Конойко — типичный представитель западнорусской модели образования фамилий, где в качестве основы брали не полное крестильное имя, а его обиходный, домашний вариант.

Географический разброс фамилии невелик, но показателен. В Книге памяти Амурской области зафиксирован Конойко Иван Григорьевич, родившийся в 1919 году в селе Болдыревка. Сама Амурская область — регион позднего заселения, куда крестьяне переселялись в основном с Украины и юга России в конце XIX — начале XX века. Таким образом, появление фамилии на Дальнем Востоке — это результат переселенческих волн, а её корни, скорее всего, нужно искать в чернозёмных губерниях Малороссии.

Если говорить о возможных прозвищных параллелях, то стоит упомянуть, что в некоторых говорах «коной» могло означать нечто скучное или однообразное, но для фамилии эта версия вторична. Основной и наиболее убедительный путь — от имени Конон через уменьшительную форму Конойка. Фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой, что только увеличивает её ценность для тех, кто её носит: она — прямое свидетельство о конкретном предке по имени Конон, которого в семье ласково звали Конойкой.