Фамилия Конунниковы (в мужском варианте Конунников) — редкий пример, где славянская словообразовательная модель наложилась на заимствованную основу. Прозвище Конунник, от которого образована фамилия, скорее всего, указывало на профессию. Исходное слово «конун» в тюркских языках обозначает музыкальный инструмент — род крыловидных гуслей с металлическими медиаторами на пальцах. Суффикс -ник в русских прозвищах традиционно закреплялся за мастером: если человек делал кануны (или конуны), его и называли Конунником. Со временем это прозвище перешло в фамилию по стандартной модели на -ов.

Встречается фамилия в Сибири. В Книге памяти Алтайского края есть запись о священнике Никите Прокопьевиче Конунникове, 1889 года рождения, уроженце Томской губернии. Эта документальная фиксация подтверждает, что к началу XX века фамилия уже прочно бытовала в среде сибирского духовенства.

Спорный момент — версия, будто прозвище Конунник связано со скандинавским «конунг» (князь, вождь). Такое объяснение соблазнительно, но лингвистически слабо: для обозначения князя в русских говорах использовали «князь» или «конязь», а суффикс -ник в этом значении нехарактерен. Правдоподобнее тюркский след — тем более что в Сибири, где фамилия зафиксирована, контакты с тюркскими народами были обычным делом.

Таким образом, Конунниковы — это, вероятно, потомки мастеров, делавших музыкальные инструменты. Фамилия редкая, с прозрачной профессиональной основой, но без широких генеалогических данных точное место и время её возникновения определить сложно.