Фамилия Конуников — яркий пример того, как прозвище, данное человеку по его занятию или положению, закрепилось в родовом имени. Её основа — слово «конюх» (в старом произношении и написании «конюх» или «конушник»). Суффикс -ик- в данном случае указывает на лицо по профессии: конушник — это тот, кто ухаживает за лошадьми, конюх. А фамилия образована по типичной модели «прозвище + -ов»: сын конушника стал Конушниковым, а в народном произношении, где звук «ш» перед «н» часто переходил в более твёрдый, появился вариант Конуников. В некоторых говорах «конушник» звучало как «конух», и фамилия могла возникнуть и от этой формы.

Важно, что фамилия эта не дворянская и не купеческая, а скорее крестьянская или посадская. Конюхи на Руси были не просто слугами при лошадях: в боярских и княжеских хозяйствах за конюшнями следили десятки людей, и старший конюх (конюший) мог быть человеком весьма уважаемым. Но прозвище Конуник, скорее всего, относилось к простому работнику, который жил при конюшне. Суффикс -ик нередко давал уменьшительно-бытовой оттенок: «конюх» звучало официально, а «конуник» — по-свойски, как звали в деревне.

Географически фамилия Конуников встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской, а также в Поволжье. Это подтверждает её севернорусское происхождение: именно в этих краях слово «конюх» в бытовой речи часто заменяли на «конух» или «конушник». В южных регионах, где больше распространены фамилии на -енко, она почти не встречается.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Конюхов, Конюшенков, Конюшков) показывает, что Конуников — один из самых «народных» вариантов. Если Конюхов мог быть образован от официального названия должности, то Конуников — от разговорного прозвища, которое звучало проще и грубее. Такая фамилия не говорит о знатности рода, но зато прямо указывает на занятие предка: он был человеком, чья жизнь была связана с лошадьми, и это занятие дало имя всему роду.