Фамилия Коняшин образована от прозвища Коняша. В старину такое прозвище было широко распространено и, скорее всего, имело отношение к лошадям — либо по роду занятий (конюх, коневод, торговец лошадьми), либо по внешнему сходству или повадкам. Суффикс -аша в прозвище — уменьшительно-ласкательный, как в словах «милаша», «кудряша», поэтому Коняшей могли назвать невысокого или молодого человека, возившегося с конями, а иногда и просто ласково — того, кто любил лошадей.

Фамилия образована по типичной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Коняшин, то есть сын или потомок Коняши. Такая модель (основа на -а/-я + суффикс -ин) характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Интересно, что однокоренные фамилии — Коняев, Коняхин, Коняшов — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что говорит о широкой географии бытования прозвища. Коняшин — одна из менее частых форм, что делает её более локальной. Вероятнее всего, фамилия закрепилась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища, связанные с хозяйством и животными, были особенно устойчивы.

Других версий происхождения, например, от имени Константин (через уменьшительную форму Коня) или от тюркского корня, не подтверждается: у прозвища Коняша чёткая славянская основа и прозрачная связь с «конём». Спорных гипотез здесь нет — этимология лежит на поверхности.