Фамилия Копалкин — из числа тех, что прямо указывают на занятие или личную черту предка. В основе лежит прозвище Копалка. Чаще всего так называли крестьянина-земледельца, который обрабатывает землю вручную, копает. Однако у прозвища мог быть и второй, переносный смысл: в народе «копалкой» нередко дразнили человека медлительного, дотошного, который делает всё слишком кропотливо и долго. Оба значения вполне могли сосуществовать.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей потомок?» — Копалкин). Такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных губерниях России, где был распространён именно тип на -ин от прозвищ, оканчивающихся на -а. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), здесь работает правило: от слова «Копалка» образуется «Копалкин», а не «Копалков».

Интересно, что однокоренные фамилии — Копалов, Копалёв, Копалин — образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что говорит о разных диалектных вариантах прозвища. Копалкин — один из самых прямых по смыслу: он не скрывает, что предок либо пахал землю, либо славился своей неторопливостью. В любом случае фамилия закрепилась за потомками человека, которого в округе знали именно по этой заметной черте.