Фамилия Кордесова — женская форма фамилии Кордесов. Её основа — прозвище или мирское имя Кордес, а суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: «чей?» — потомок Кордеса. Сама фамилия редкая, и её происхождение неочевидно.

Скорее всего, Кордес — это русифицированная форма западноевропейской фамилии или прозвища. Наиболее правдоподобная версия — связь с немецкой фамилией Kordes (Кордес). В немецком языке Kordes — это вариант фамилии Kordt, которая, в свою очередь, восходит к краткой форме имени Konrad (Конрад). В России, особенно в эпоху Петра I и Екатерины II, среди приглашённых специалистов (военных, врачей, ремесленников) было много немцев. Их фамилии нередко адаптировались на русской почве: Kordes превращался в Кордес, а затем его дети получали фамилию Кордесовы.

Вторая версия, менее вероятная, — происхождение от латинского корня «cor, cordis» (сердце). В этом случае прозвище Кордес могло быть дано семинаристу или человеку, получившему «говорящую» фамилию в духовной среде (по аналогии с Кордиков, Сердечный). Однако для фамилии Кордесова такая версия слаба: суффикс -ов нехарактерен для искусственных семинарских фамилий (там чаще -ский или -ин), и на слух «Кордес» звучит как иностранное заимствование, а не как латинская калька.

Географически фамилия Кордесовы встречается в России нечасто. Можно предположить, что её носители — потомки обрусевших немцев или выходцев из Прибалтики, где немецкие фамилии были распространены. В сословном плане предки могли быть городскими жителями, ремесленниками или мелкими чиновниками, а не крестьянами, так как фамилии на -ов от иностранных основ в крестьянской среде — редкость. Точных данных о дворянстве или известных носителях нет, что говорит о скромном, но своеобразном происхождении.