Фамилия Кордубина — довольно редкая и неоднозначная с точки зрения происхождения. Её основательнее всего разбирать с конца, обратив внимание на суффикс. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в старину так образовывали фамилии от названий профессий, прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Получается, что в основе лежит слово «Кордуба» — прозвище или мирское имя человека.

Что могло означать это прозвище? Здесь есть две главные версии. Первая — самая прямая: связь с городом Кордова (в старых русских текстах встречается вариант «Кордуба»). Это испанский город, известный со времён мавританского владычества. Прозвище «Кордуба» могли дать человеку, который побывал там, торговал с Испанией или просто носил вещи из кордовской кожи — сафьяна, который на Руси называли «кордубан» или «кордобан». Вторая версия — отчество от имени Кордуб, которое могло быть народной формой крестильного имени (например, сближение с латинским «кордус» — «поздний», «запоздалый», так иногда называли долгожданного ребёнка). Однако эта гипотеза менее убедительна, так как имя Кордуб в святцах не встречается.

Если опираться на словарь русских фамилий (в частности, на работы Б. Унбегауна), фамилии, образованные от географических названий с суффиксом -ин, типичны для южных и западных регионов России, а также для украинских и белорусских земель. Поэтому предок носителя фамилии Кордубина с большой вероятностью жил на территории современной Украины или Беларуси. Он мог быть, например, кожевником, работавшим с дорогой привозной кожей, или купцом, торговавшим с западными странами.

Редкость фамилии делает её интересной для генеалогического поиска: скорее всего, все Кордубины — потомки одного человека, получившего такое прозвище несколько веков назад. Найти точный корень можно только через архивные документы, но уже сейчас ясно, что фамилия звучит не по-крестьянски просто, а отсылает к дальней торговле, ремёслам или европейским связям.