Фамилия Кордупова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Кордупов, образована по простой и типичной для русских фамилий модели: от прозвища или имени с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Кордупов буквально значит «сын Кордупа» или «человек из рода Кордупа». Вопрос упирается в то, что такое «Кордуп» и откуда взялось это слово.

Самая прямая и правдоподобная версия ведёт к южнославянским языкам, прежде всего к болгарскому и сербскому. В болгарском «кордуп» — диалектное название крупной, толстой палки, дубины, иногда так называли неуклюжего, грубоватого человека. Прозвище Кордуп могли дать либо силачу, который ходил с дубиной, либо человеку с тяжёлым характером. Такие прозвища на -уп, -ап встречаются в балканской ономастике, и фамилия Кордупов могла попасть в русский язык вместе с переселенцами из южнославянских земель или через контакты в приграничных областях.

Есть и более редкая, но лингвистически допустимая версия, связывающая основу с тюркскими корнями. В некоторых тюркских наречиях «кордуп» может означать «защитник» или «страж» (от «кору» — охранять). В этом случае прозвище относилось к человеку, нёсшему сторожевую службу, или к тому, кто славился охраной чего-либо. Однако эта гипотеза слабее, так как в тюркских языках нет устойчивой модели, где «кордуп» было бы распространённым личным именем или прозвищем.

Географически фамилия Кордупов (и Кордупова) встречается нечасто, но её следы фиксируются в документах XIX — начала XX века в южных губерниях России, особенно в Области Войска Донского и на Кубани. Это косвенно подтверждает южнославянскую версию: именно в этих регионах селились выходцы с Балкан, в том числе болгары и сербы, бежавшие от турецкого владычества. Они приносили с собой не только обычаи, но и фамилии, которые затем русифицировались.

В словарях русских фамилий, например в работах Б. Унбегауна, фамилия Кордупов не упоминается как широко распространённая, что говорит о её локальном и относительно позднем происхождении. Скорее всего, основатель рода получил прозвище в среде казаков или крестьян-переселенцев, а фамилия закрепилась уже в XIX веке, когда окончательно оформилась система наследственных фамилий у непривилегированных сословий.

Таким образом, носительница фамилии Кордупова может считать себя потомком человека, которого в своём кругу прозвали Кордупом — либо за крепкое телосложение и простой нрав, либо, если верна тюркская версия, за службу в охране. Первая версия, подкреплённая географией и языковыми параллелями, выглядит убедительнее.