Фамилия Кордубова — женская форма фамилии Кордубов, и её разговорный вариант, скорее всего, произносится с ударением на второй слог: Корду́бова. В основе лежит прозвище или мирское имя Кордуб. Это редкий случай, когда фамилия образована не от распространённого имени или профессии, а от топонима — названия испанского города Кордова (по-русски раньше говорили «Кордуба»). В старину выходцев из этого города на Руси могли называть Кордубами или Кордубами, а со временем прозвище закрепилось за родом.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: чей? — Кордубов, то есть сын или потомок Кордуба. Такая фамилия могла появиться у человека, чей предок побывал в Испании или торговал с Кордовой, но исторически это маловероятно для крестьянской среды. Более правдоподобная версия — прозвище дали за внешнее сходство или за особый товар: например, купца, привозившего кордовские кожи (сафьян) или клинки, могли прозвать Кордубой.

Встречается фамилия крайне редко. По данным современных переписей, основная масса носителей сосредоточена в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о прозвище, а не о прямом испанском происхождении. Скорее всего, предок Кордубовых был человеком, причастным к торговле или ремеслу, связанному с привозными диковинками — возможно, кожевником или оружейником, использовавшим «кордовские» технологии.

В написании возможна путаница: в старых документах фамилию могли записать как Кордобова (под влиянием акающего произношения) или даже Кордубова с буквой «о» в корне — это не меняет её сути. Родственных фамилий в русском языке практически нет, что делает Кордубовых уникальным, локальным явлением в ономастике.