Фамилия Корнилишина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной. В русской традиции фамилии на -ин обычно образуются от мужских имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я: Корнилиша — это разговорная, народная форма канонического имени Корнилий. Само имя Корнилий (от латинского «cornu» — рог) в православных святцах давали в честь святых, включая сотника Корнилия, крещённого апостолом Петром. В быту имя упрощалось: вместо Корнилий говорили Корнил, а от него через уменьшительно-ласкательный суффикс -иш- образовалось прозвище Корнилиша — так могли называть младшего сына или просто человека небольшого роста, с лёгкой иронией.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Корнилишин, то есть сын или потомок Корнилиши. Со временем окончание -а закрепило женскую форму фамилии, что нередко встречалось в документах, когда женщина становилась главой семьи или запись велась по матери. Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, где имя Корнилий было особенно распространено среди крестьян и казачества. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются варианты Корнилов, Корнеев, но форма с суффиксами -иш- и -ин — более локальная и редкая, что делает её ценной для генеалогического поиска.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Корнилишина стоит особняком. Корниловы и Корнеевы — это «стандартные» патронимы от полных форм имени, их носителей тысячи. А здесь мы видим прозвищную цепочку: имя → уменьшительное прозвище → фамилия от этого прозвища. Такая модель характерна для деревенской среды, где человека знали не по полному имени, а по домашнему, уличному обращению. Поэтому предки современных Корнилишиных, скорее всего, были простыми крестьянами или ремесленниками, а их прозвище Корнилиша передалось как родовое имя.

Встречается также версия, что основа могла быть не от имени, а от топонима — деревни Корнилишино или Корнилиха. Такие названия образовывались от имени владельца или первопоселенца: если существовал хутор Корнилиша, то его жители получали фамилию по месту. Однако эта гипотеза менее вероятна: в официальных списках населённых пунктов подобное название не зафиксировано, а прозвищное происхождение для фамилий на -ин является более типичным.