Фамилия Корнилкиин — редкий случай, когда в основе лежит не просто имя, а двойное уменьшительное образование. Её ядро — каноническое мужское имя Корнилий (от латинского cornu — «рог»), которое в русском быту превратилось в более привычное Корнил, а затем в ласкательную форму Корнилка. Именно от неё и пошла фамилия, но с необычным суффиксом.

Если бы фамилия образовалась стандартно, от имени Корнилка мы получили бы Корнилкин — через суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Корнилки). Однако здесь мы видим двойной суффикс: -ин повторён дважды, что даёт форму Корнилкиин. В русской ономастике такое встречается, но редко. Чаще всего это результат народной этимологии или ошибки писаря, который записал фамилию на слух, «нарастив» лишнее окончание. Вторая версия — что фамилия изначально звучала как Корнилкин, но со временем, под влиянием говоров, где иканье было сильным, превратилась в Корнилкиин. Третья, менее вероятная: перед нами не патроним, а прозвище по отцу — «Корнилкиин сын», где двойное -ин просто закрепилось в документах.

Географически фамилия почти не встречается за пределами центральных и северных областей России — там, где были сильны традиции крестильных имён и где сохранились архаичные модели словообразования. Носители фамилии — потомки крестьян или мещан, чей предок носил домашнее имя Корнилка. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по полному имени отца, форма на -ин (даже удвоенная) указывает на более тесную, семейную связь: это не «сын Корнила», а «сын Корнилки», то есть человека, которого в семье называли ласково или уменьшительно.

Сравните с однокоренными фамилиями: Корнилов — самая распространённая, образована от полной формы имени; Корнильев — от старой формы Корнилей; Корнилкин — обычная уменьшительная. Корнилкиин стоит особняком: это не просто вариант, а свидетельство того, как живая речь и канцелярская запись могли создать уникальную форму, закрепившуюся в роду.