Фамилия Корнилкин — из числа тех, что на первый взгляд кажутся простыми, но при ближайшем рассмотрении ставят перед выбором. В ней отчётливо слышится имя Корнил, и это верный след. Основа фамилии — каноническое мужское имя Корнилий (от латинского cornu — «рог»). В русском быту это имя обросло уменьшительными формами: Корней, Корнил, Корнилка. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Корнилкин буквально значит «сын Корнилки», то есть человека, которого в обиходе звали Корнилкой.

Но есть тонкость. В русской ономастике есть целый ряд фамилий, образованных от имени Корнилий: Корнеев, Корнилов, Корнильев, Корнюхин. Корнилкин стоит в этом ряду особняком благодаря суффиксу -к-, который в имени Корнилка мог выполнять две роли. Первая — чисто уменьшительная, ласкательная (как Ванька, Петька). Вторая — уничижительная: в некоторых говорах и в определённые исторические периоды форма на -ка могла звучать пренебрежительно или фамильярно, особенно по отношению к взрослому человеку. Поэтому предок Корнилкиных мог быть либо младшим в семье, либо человеком невысокого социального статуса, к которому обращались без особого почтения.

С точки зрения географии, фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России. Встречается она реже, чем Корнилов, но стабильно фиксируется в переписях XVII–XVIII веков, особенно в Вятской, Костромской и Архангельской губерниях. В этих краях имя Корнилий было распространено среди крестьян и посадских людей, а суффикс -ин — один из самых типичных для фамилий северорусского происхождения.

Написание фамилии устойчиво: двойное «н» в корне нехарактерно, и вариант «Корнилкин» — единственно верный для этого словообразовательного гнезда. В отличие от фамилий на -ский, которые часто принадлежали духовенству или дворянам, Корнилкин — фамилия «простая», крестьянская или мещанская, без сословного налёта. Её носитель в XVII веке с равной вероятностью мог быть хлебопашцем, ремесленником или мелким служилым человеком.