Фамилия Корнюликов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а скорее всего, искажённое или диалектное прозвище. Сразу бросается в глаза необычный суффикс -иков. В русских фамилиях он встречается реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин, и обычно указывает на то, что основа оканчивалась на согласный звук, но не на -а или -я. В данном случае мы имеем дело с формой, производной от «Корнюлик».

Самая вероятная версия: Корнюлик — это прозвище от слова «корнюля» или «корнюха» (в диалектах — «корявый», «нескладный» человек, либо тот, у кого что-то с руками — «коряки»). Суффикс -ик в прозвищах часто придавал уменьшительно-пренебрежительный оттенок: Корнюлик — «маленький корявый» или «сын корявого». Менее вероятна связь с растением (корень «корень»), так как тогда форма была бы «Кореньков» или «Корнюшков». Географически фамилия тяготеет к южнорусским и западнорусским говорам (Брянская, Смоленская области), где такие диалектные формы встречаются чаще.

Модель образования проста: прозвище Корнюлик → притяжательное прилагательное «Корнюликов сын» (чей? — Корнюликов). Со временем притяжательность стёрлась, и фамилия закрепилась в мужском роде. Сословно носители могли быть крестьянами или мещанами — фамилия не дворянская, без суффикса -ский. Встречается она крайне редко, что делает её ценной для локальной генеалогии: если вы Корнюликов, ваши предки почти наверняка жили в одном из сёл на юго-западе России, и фамилия могла записываться с колебаниями («Карнюликов» через «а»). Второй, менее правдоподобный вариант — что основа восходит к греческому имени Корнилий (лат. Cornelius), но тогда ожидалась бы форма «Корниликов» или «Корнеев», а «Корнюликов» — это уже народная переделка, где «Корнюля» — просторечная форма от Корнил. Однако греческая версия слабее, потому что суффикс -ик в русских фамилиях от имён — редкость (обычно -ов/-ев).