Фамилия Коротченя восходит к прозвищу Коротич, которое восходит к прилагательному «короткий». Согласно другой версии, фамилия Коротченя образована не от прозвища, а от мирского имени Коротич, которое связано с именем сибирского злого духа Корочуна. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители могли назвать его Коротич. Так и прозвище Коротич закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Коротченя. Суффикс -еня указывает на возможное украинское или белорусское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Коротич, со временем получил фамилию Коротченя.