Фамилия Коротенины образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени, оканчивающегося на -я, с помощью притяжательного суффикса -ин. Основа здесь — Коротеня, а само прозвище напрямую связано с прилагательным «короткий». В старину так могли назвать невысокого человека, либо того, кто носил короткую одежду или, например, коротко стригся. Реже прозвище могло указывать на торопливость в речи или движениях — «короткий» в смысле «быстрый, сжатый».

Словообразовательная цепочка прозрачна: Коротеня → Коротенин → Коротенины. Суффикс -ин указывает на принадлежность: буквально «чей?» — «сын Коротени». Такая модель типична для северных и центральных областей России, где в XVI–XVII веках активно формировались крестьянские и посадские фамилии. В южных и западных регионах чаще использовали суффикс -енко или -ук, так что география фамилии сужается до великорусских земель.

Интересная деталь, которую упускают в типовых описаниях: прозвище Коротеня могло быть не только прямым описанием внешности, но и формой охранительного имени. В славянской традиции ребёнку иногда давали имя с противоположным значением, чтобы обмануть злых духов. Коротеней могли назвать высокого младенца в надежде, что он не вырастет слишком долговязым. Правда, эта версия менее вероятна: в подавляющем большинстве случаев прозвища давали взрослым по реальным признакам.

Фамилия фиксируется в письменных источниках с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне Коротенины в Вятской и Костромской губерниях — регионах, где прозвища на -еня были особенно употребительны. Дворянских родов с этой фамилией не известно, что указывает на её крестьянское или посадское происхождение.

Не стоит путать Коротениных с однокоренными Коротковыми, Коротыгиными или Коротенко. Первые две фамилии образованы от других суффиксальных вариантов того же корня, а третья — типично украинская. Коротенины же — фамилия с чёткой русской морфологией и, скорее всего, конкретной региональной привязкой к северо-востоку России.