Фамилия Коротников — один из тех случаев, когда прозвище, данное по внешнему признаку, закрепилось в роду и превратилось в фамилию. В основе лежит прилагательное «короткий». Чаще всего так называли невысокого человека, реже — того, кто носил короткую одежду (в отличие от долгополых кафтанов), или обладателя короткой фамилии (имени, прозвища). Поскольку прозвища Короткий и Коротень были широко распространены на Руси, фамилии Коротников, Коротков, Коротенков — одного корня, но различаются суффиксами.

Суффикс -ник- в этой фамилии — редкий и показательный. Обычно фамилии образуются от прозвищ с помощью суффиксов -ов/-ев (Коротков) или -ин (Короткин). Форма Коротников могла возникнуть двумя путями. Первый: от прозвища Коротник — так могли называть человека, имевшего отношение к чему-то короткому (например, мастера, делавшего короткие вещи, или крестьянина, владевшего коротким наделом земли). Второй: в некоторых говорах прилагательное «короткий» преобразовывали в существительное «коротник» (например, в значении «коротышка»), и от этой основы уже добавили фамильный суффикс -ов. Получилось не «чей сын?», а «чей?» — Коротников.

География фамилии тяготеет к центральным и южнорусским областям. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Коротник в Рязанском, Тульском и Калужском краях. Это говорит о том, что предки носителей фамилии были, скорее всего, не знатного, а крестьянского или мещанского происхождения — прозвища по росту давали в первую очередь в простонародной среде.

В отличие от распространённого Короткова, фамилия Коротников встречается реже и звучит архаичнее. Если Коротков — это прямая отсылка к признаку («сын Короткого»), то Коротников подразумевает более сложную словообразовательную цепочку: сначала из прилагательного сделали существительное (Коротник), а уже потом — фамилию. Такая модель типична для прозвищ, которые обозначали не просто свойство, а цельный образ человека: Коротник — не просто низкий, а «тот, кто ходит в коротком» или «коротышка по прозвищу».