Фамилия Коротненко — типичный пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках распространилась по всей Гетманщине и Слобожанщине. Суффикс -енко в этой традиции означает «сын» или «потомок», так что Коротненко буквально понималось как «сын Коротня». В основе лежит прозвище Коротень, образованное от прилагательного «короткий» — скорее всего, так называли невысокого человека. В украинских говорах слово «коротень» могло также относиться к предмету малой длины или к человеку с короткой стрижкой, но основная версия — указание на рост.

Словообразовательная модель здесь простая: прозвище Коротень дало форму родительного падежа Коротня, к которой добавили патронимический суффикс -енко. Со временем прозвище Коротень, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Такие фамилии фиксировались в реестрах казацких полков и метрических книгах, что указывает на возможную принадлежность предков к казачеству или крестьянству.

Географически фамилия Коротненко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины: Полтавщина, Черкащина, Сумщина, а также в прилегающих районах России, куда переселялись украинцы в XVIII–XIX веках. В русской среде фамилия могла адаптироваться, но суффикс -енко сохранил украинскую природу. Однофамильцев с похожей основой — Коротков, Коротенко — немало, но Коротненко отличается именно редким для русского уха удвоением «н»: оно возникло из-за стечения конечного «н» основы (Коротень) и суффикса -енко.

Исследователь украинских фамилий Ю. К. Редько относил подобные образования к наиболее продуктивным в XVII веке. Фамилия не имеет отношения к топонимам — Коротное, Коротня — скорее всего, вторичны по отношению к прозвищу, а не наоборот. Так что предки носителя фамилии — человек с прозвищем Коротень, чьи дети и внуки закрепили это именование как родовое.