Фамилия Коротенко образована от прозвища Короткий, которое в древнеславянской среде давали человеку невысокого роста. Такие прозвища по внешним признакам были распространены повсеместно: они заменяли официальное имя в быту и со временем закреплялись в документах как наследственные фамилии.

В центре фамилии — прилагательное «короткий», а суффикс «-енко» указывает на украинское или южнорусское происхождение. В украинской ономастике суффикс «-енко» традиционно означал «сын» или «потомок», так что Коротенко — буквально «сын Короткого». Такая модель особенно характерна для левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина) и южных областей России, где в XVII–XVIII веках активно формировались фамилии на «-енко».

Прозвище Короткий могло относиться не только к росту. В говорах «коротким» называли человека вспыльчивого или скупо говорящего, но основное значение — именно малорослый. Сравните с однокоренными фамилиями Коротков, Коротких, Коротченко: все они восходят к той же основе, но различаются по суффиксам, закрепляя разные формы одного прозвища в разных регионах.

Фамилия Коротенко фиксируется в реестрах запорожских казаков и в метрических книгах Харьковской, Екатеринославской губерний. Встречается и вариант Коротенко с ударением на второй слог, что характерно для северных говоров, но в целом фамилия сохраняет прозрачную этимологию без спорных трактовок.