Фамилия Коротоненко — это украинская фамилия, которая говорит о происхождении предка по прозвищу или мирскому имени Коротоня. Основа «коротон» в украинских говорах обычно связана с прилагательным «коротий» (короткий). В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, украинский суффикс -енко указывает на «малого» или потомка: Коротоненко буквально означает «сын Коротони» или «Коротонин». Такая модель была особенно распространена в Левобережной и Центральной Украине, в казацкой среде.

Прозвище Коротоня могли дать невысокому человеку, но возможно и другое прочтение. В диалектах слово «коротон» иногда означало не просто коротышку, а человека с короткой стрижкой или даже того, кто носил короткую одежду (например, бедняка, которому не на что было шить длинный кафтан). Встречается и версия, что прозвище произошло от глагола «коротати» (коротать время, проводить досуг) — так могли назвать любителя посиделок или рассказчика баек, но эта гипотеза менее вероятна из-за прямого звукового совпадения с «коротким».

Сравнение с однокоренными фамилиями подтверждает украинский след. Фамилии Коротенко (от «короткий») и Коротич (с суффиксом -ич) широко известны, а Коротоненко стоит особняком: в ней сохранился архаичный суффикс -оня, который в украинской антропонимии встречается реже, чем -енко. Это может указывать на более старую основу — возможно, прозвище Коротоня образовалось от диалектного «короть» (коротышка) с добавлением экспрессивного -оня, как в прозвищах Грибоня, Худоня.

Географически фамилия тяготеет к Полтавщине и Черниговщине — регионам, где в XVII–XVIII веках активно формировались казацкие фамилии на -енко. В метрических книгах XIX века Коротоненко встречаются преимущественно в сёлах бывшей Гетманщины, что косвенно указывает на происхождение предков из казацкого или крестьянского сословия. Среди дворян фамилия не фиксируется — это народная, «прозвищная» фамилия, которая закрепилась за простыми людьми.

Сегодня Коротоненко — редкая фамилия. Её носители разбросаны по Украине и югу России, но в каждом случае она несёт одну историю: предок был человеком с заметной чертой — ростом, одеждой или нравом, а потомки получили память об этом в виде фамильного суффикса, типичного для украинской ономастики.