Фамилия Коржилова — женская форма, а мужская — Коржилов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Коржил, которое восходит к слову «корж» — пресная лепёшка, сухой блин. В южнорусских и украинских говорах коржом называли не только выпечку, но и сухую, плотную, иногда чёрствую лепёшку — отсюда могло пойти прозвище для человека плотного телосложения, крепкого, «сбитого», как корж. Реже прозвище давали тому, кто пёк коржи или торговал ими.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ил- в основе Коржил — редкий, но встречающийся в прозвищах (сравните: Косил, Торопил, Ходил). Затем к основе добавили патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Коржила». Форма на -ова — стандартное русское окончание для женщин.

Географически фамилия Коржилов встречается в основном в центральных и южных областях России, а также на Украине, что подтверждает связь с местной кулинарной лексикой. В некоторых говорах «коржик» — это ещё и вид печенья, поэтому прозвище могло быть уменьшительно-ласкательным, а не грубоватым. Вариант с суффиксом -ил, а не более частым -ик (Коржиков) или -ев (Коржев) — отличительная черта: он указывает на активное, «действующее» прозвище, а не на простое свойство.

Спорных версий немного: иногда Коржилова пытаются связать с тюркским «корж» (сухой, жёсткий) или с диалектным «коржить» (гнуть, ломать), но обе гипотезы слабее основной — от названия лепёшки, так как это слово было повсеместно и давало множество однокоренных фамилий. В словаре Б. Унбегауна фамилия не выделена отдельно, но типологически вписывается в ряд «хлебных» фамилий вроде Блинников, Пирожков, Калачов, что подтверждает её бытовое, не аристократическое происхождение. Носители фамилии, скорее всего, были из крестьян или посадских людей, а первым Коржилом могли назвать либо коренастого мужчину, либо пекаря, чьи коржи славились в округе.