Фамилия Коржилов образована от прозвища или мирского имени Коржило. В основе лежит слово «корж» — так в русских говорах называли пресную лепёшку, сухую ватрушку или просто подсохший хлеб. Суффикс -ил- в прозвище (Коржило) характерен для уменьшительно-ласкательных или пренебрежительных форм имён в древнерусском языке: коржило — человек, имеющий отношение к коржам, либо тот, кого так прозвали за любовь к этой еде. Фамилия на -ов указывает на принадлежность: «сын Коржила» или «из рода Коржиловых».

В отличие от распространённых «хлебных» фамилий (Пирогов, Блинов, Калашников), Коржилов встречается реже, что говорит о более узкой локальной основе. Скорее всего, прозвище закрепилось не за пекарем, а за человеком, который либо часто ел коржи, либо сам был суховат и приземист — по ассоциации с формой лепёшки. В некоторых говорах «корж» означал ещё и коротышку, крепыша, что усиливает версию прозвища по внешности.

Фамилия почти не фиксируется в дворянских родословных и старых боярских списках — это типичная крестьянская или посадская фамилия. Географически она тяготеет к южнорусским и украинским областям, где слово «корж» было особенно употребительно. Встречаются варианты написания Коржелов, Коржалов, но Коржилов — наиболее точная передача исходного прозвища с суффиксом -ил-.

Никонов в своих работах по ономастике относил подобные фамилии к группе «прозвищных» от названий пищи, но специально Коржилова не разбирал. Унбегаун в «Русских фамилиях» упоминает Корж как основу, не выделяя отдельно форму на -илов. Таким образом, Коржилов — пример того, как бытовое, почти забытое слово сохранилось в фамилии, не став массовым, но оставшись узнаваемым для носителей русского языка.