Фамилия Кошакина — женская форма, а мужская, Кошакин, образована по простой и прозрачной модели: к основе «кошак» добавили притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В русском языке суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я (сын чей? — Кошакин), поэтому фамилия звучит как «сын Кошака» или, в более широком смысле, «из рода Кошаков».

Сама основа «кошак» — это не что иное, как диалектный вариант слова «кот». В южнорусских говорах, особенно в рязанской, тамбовской, воронежской областях, кота называли «кошаком». Отсюда и прозвище: Кошаком могли прозвать человека за внешнее сходство с котом — мягкую походку, хитрый взгляд, любовь к теплу, а то и за привычку таскать чужое. В словаре Владимира Даля «кошак» прямо обозначен как «кот, особ. дикий, степной, камышовый», что добавляет версии оттенок: прозвище могли дать мужчине за диковатость или независимость.

Реже, но возможно, что прозвище Кошак произошло от тюркского слова «кош» — кочевье, временное жилье, или от глагола «кошевать» — кочевать. В таком случае предок мог быть человеком, связанным с перекочевками, погонщиком скота или просто неоседлым. Однако эта версия менее вероятна: фамилия Кошакин встречается в основном в русских регионах, и диалектное «кошак» объясняет её проще и естественнее.

Фамилия не относится к дворянским или знатным, а указывает на крестьянское или мещанское происхождение. В дореволюционных переписях Кошакины встречаются в центральных и южных губерниях России, особенно часто — в Рязанской и Тамбовской. Сейчас фамилия редкая, но не исчезнувшая: её носители живут в России, на Украине и в странах ближнего зарубежья.