Фамилия Косиненко — яркий пример украинской модели образования фамилий на -енко, что в буквальном смысле означает «маленький», «сын» или «потомок». В XVII–XVIII веках такие фамилии были особенно распространены в Поднепровье, на Левобережной и Слободской Украине, постепенно вытесняя более старые формы на -ич и -ук. Суффикс -енко указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени или прозвищу Косина.

С основой сложнее. Косина — это не церковное имя, а прозвище, и у него есть как минимум два равноправных объяснения. Первое: от слова «коса» — сельскохозяйственное орудие. Прозвище Косина мог получить либо косарь, либо тот, кто точил или делал косы, либо человек с характерной внешностью (косая борода, косой взгляд). Второе: от прилагательного «косой» в значении «кривой», «непрямой». В древнерусской традиции косым называли не только человека с дефектом зрения, но и того, кто ходил не по прямой, хитрил или был нелюдим.

Менее вероятно, но не исключено, что основа связана с топонимом — например, с рекой Косинка или селом Косино. Такие названия встречаются в Беларуси и на западе России, но для фамилии на -енко это нетипично: обычно топонимические фамилии оканчиваются на -ский/-цкий. Поэтому версия с прозвищем косаря или хитреца выглядит убедительнее.

В дореволюционных метрических книгах фамилия Косиненко встречается преимущественно в Полтавской, Харьковской и Черниговской губерниях. Носители её были в основном казаками и крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её простонародное происхождение.

Любопытно, что фамилия не перешла в русскую форму Косиненков — в отличие от многих украинских фамилий, которые русифицировали добавлением -ов. Это говорит о том, что носители Косиненко долго сохраняли украинскую идентичность и не попадали в великорусскую бюрократическую среду, где такие изменения были обычны.